Bersamaan dengan diterbitkannya Surat Kemenristekdikti Nomor: 89/KPT/I/2015, akhirnya Program studi PGSD Universitas Muhammadiyah Kupang secara resmi dibuka pada tanggal 18 November 2015. Meski telah mendapatkan izin, tidak serta merta Prodi PGSD langsung memulai aktivitas perkuliahan. Sebab sebagai Program Studi baru butuh banyak persiapan terutama dalam melakukan sosialisasi untuk merekrut mahasiswa baru khususnya di daerah Nusa Tenggara Timur. Pada awal pembukaan pendaftaran penerimaan mahasiswa baru di Universitas Muhammadiyah Kupang tahun 2016, prodi PGSD menerima 123 orang mahasiswa baru yang kemudian dibagi dalam tiga rombongan belajar. Sebuah angka yang cukup tinggi apalagi untuk sebuah program studi yang baru dibuka. Tentunya menjadi angin segar bagi pihak Program Studi yang dengan segala keterbatasan fasilitas dan tenaga pengajarnya berusaha untuk memberikan pelayanan terbaik yang dapat dilakukan.

Pada Tahun 2017, mahasiswa yang diterima meningkat menjadi 165 orang yang kemudian dibagi menjadi empat rombongan belajar. Dengan meningkatnya jumlah mahasiswa, Program Studi PGSD akhirnya mendapat perhatian dari pihak Lembaga Universitas Muhammadiyah Kupang yang kemudian memberikan fasilitas ruangan di Gedung D lantai 4 untuk dikelola oleh pihak Pihak Prodi. Dengan adanya tambahan fasilitas tersebut, prodi mulai berbenah diri dengan membagi ruangan untuk dijadikan ruang Program Studi, Ruang Dosen, Ruang Kelas, dan Ruang Laboratorium serta Ruang untuk organisasi kemahasiswaan. Selain itu Universitas Muhammadiyah Kupang juga mengirim beberapa orang untuk melanjutkan studi magister yang dipersiapkan sebagai tenaga pengajar tambahan saat mereka kembali setelah mnyelesaikan studi.

Pada tahun 2018, jumlah mahasiswa meningkat drastis yakni sejumlah 217 orang yang dibagi menjadi 5 rombongan belajar. Tenaga pengajar juga mulai bertambah.  Total mahasiswa Program Studi PGSD secara keseluruhan sebanyak 495 orang yang berasal dari hampir seluruh kabupatan dan kota yang ada di Provinsi Nusa Tenggara Timur.

Setelah dua tahun sejak dibuka, dibentuklah tim untuk menyusun pengajuan akreditasi yang pertama kepada Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Ibu Ivo Basri K., S.Si., M.Pd. sebagai Ketua Prodi dan Pak Uslan,S.Pd., M.Si. sebagai Sekretaris saling berkoordinasi dengan semua dosen dan tenaga kependidikan untuk mempersiapkan dokumen sebagai persyaratan untuk mengajukan permohonan akreditasi. Berdasarkan Surat Keputusan dari BAN-PT Nomor: 2634/SK/BAN-PT/Akred/S/VII/2019, Program Studi Pendidikan Guru Sekolah Dasar Universitas Muhammadiyah Kupang telah terakreditasi dengan peringkat C (Baik).